Dès l'obtention de l'appui politique à son projet, San Martin entreprend les préparatifs de l'expédition.
Le Directeur Suprême élève, le 1er août, San Martin au grade de général en chef de l'Armée des Andes.
Le 5 janvier, après une période d'entraînement, l'armée se dirige jusqu'à Mendoza sous les clameurs de la foule. Tous jurent fidélité à la bannière aux couleurs bleu ciel et blanche.
San Martin a gardé secret le point par lequel son armée franchira les Andes, et a laissé courir de fausses rumeurs pour désorganiser les royalistes.
Tout est prêt à Plumerillo pour faire traverser l'armée de 4000 hommes, avec ses chevaux, canons, munitions et vivres pour un mois. Deux divisions, sous le commandement des généraux Miguel Estanislao Soler et O´Higgins traverseront les Andes par le Paso de los Patos (le col des canards). Une autre, dirigée par Juan Manuel Cabot fera la traversé depuis San Juan, par le Portezuelo de la Ramada pour prendre Coquimbo. Un autre détachement léger passera par le col de Vinchina pour occuper Copiapó. Au sud, le capitaine Freyre passera par le Planchón pour appuyer la guérilla chilienne.
Au cours de la seconde moitié de janvier, les différentes divisions se mettent en marche avec des instructions secrètes. Les ordres sont d'apparaître simultanément sur le territoire chilien entre le 6 et le 8 février.
La traversée est un triomphe. Le 8 février à deux heures de l'après-midi, les deux principales colonnes occupent les villages de Putaendo et Santa Rosa de los Andes, laissant libre la route vers le Pacifique.
Le 10 février, toute l'Armée des Andes se trouve rassemblée dans la vallée de l'Aconcagua, Prête à gravir la côte de Chacabuco et remporter une bataille décisive. L'armée royaliste est rejointe par des troupes venues de Santiago.
San Martin veut attaquer les royalistes sans leur donner le temps de se regrouper. Il divise ses armées en deux colonnes, une commandée par le général Soler et l'autre par O'Higgins. L'armée royaliste est dirigée par Maroto.
A l'aube du 12, les deux colonnes commencent l'ascension de la côte de Chacabuco, Soler par la droite et o'Higgins par la gauche.
L'aile gauche se retrouve au contact des royalistes. Le combat semble indécis jusqu'à ce que les troupes de Soler viennent prêter main forte, remportant la bataille. Les royalistes doivent fuir, laissant 500 morts, 600 prisonniers et beaucoup d'armes.
le 14 février, San Marin entre en triomphe à Santiago du Chili. Le Congrès se réunit le 18 et proclame le Libertador, Gouverneur du Chili. Il décline cet honneur et o'Higgins est élu Directeur Suprême du Chili.
Cette victoire, la conquête du Royaume du Chili, ne peut que réjouir Buenos Aires en proie à une situation difficile. Montevideo est occupée par les portugais, tandis que l'Armée du Nord, sous les ordres de Martin Güemes, résiste tant bien que mal à Jujuy.
La victoire de Chacabuco va changer la donne. Les royalistes commencent à se replier. Ceux qui peuvent s'échaper, se retirent jusqu'à la forteresse de Talcahuano, dans le sud du Chili. Ils y résisteront toute l'année 1817.
On crée alors l'Armée Unie, formée par celle du Chili et l'Armée des Andes. O'Higgins se voit confier la partie chilienne et San Martin devient Général en chef de toute l'armée.
San Martin sait qu'il ne sera pas possible de conquérir le Chili et le Pérou sans domination maritime. En effet la côte est protégée par de puissants bastions comme Callao ou Talcahuano.
Peu après la bataille de Chacabuco, il se rend à Buenos Aires pour demender au Directeur Suprême qu'il envoie une mission à Londres, dans le but d'appareiller une armada afin de dominer les côtes du Pacifique.
La libération du Chili est complète après la victoire de San Martin et O'Higgins à la Bataille de Maipu le 5 avril 1818, ouvrant au Libertador la voie vers le Pérou.
C'est donc par l'océan Pacifique que San Martin compte débarquer à Lima pour libérer le Pérou. Il embarque à Valparaiso le 20 août 1820 et arrive à Pisco le 8 septembre à la tête d'une expédition de 4 500 hommes, 8 navires de guerre et 17 embarcations de transport.
Dans cette expédition organisée avec l'aide de Lord Thomas Cochrane, marin écossais de la Royal Navy et homme politique condamné au Royaume-Uni, se trouvaient également des français comme Hippolyte de Bouchard et de nombreux chiliens.
En face d'eux le Vice-Roi Pezuela disposait d'une armée de 20 000 hommes dont la plupart été chargée de défendre Lima. Les troupes de San Martin réussisent à faire reculer les Espagnols jusqu'aux montagnes avant de réembarquer pour atteindre Huacho au mois de novembre 1820, assurant ses positions dans le but d'avancer sur Lima.
Le 29 janvier 1821 plusieurs officiers royalistes se soulèvent contre le vice-roi Pezuela qui est contraint de renoncer à son poste et qui est remplacé par le Général José de la Serna.
Le nouveau vice-roi tente de négocier avec San Martin mais le Libertador ne cède pas d'un pouce sur ses exigences : l'indépendance du Pérou. Commence alors le siège de Lima tandis que deux autres armées indépendantistes se dirigent vers les côtes du sud et la montagne.
San Martin quitte Huacho et débarque à Ancon pour se rapprocher davantage de Lima. A la fin du mois d'avril il peut compter sur la désertion du Régiment de Numance composé essentiellement de Vénézuéliens, une désertion qui démoralise les troupes espagnoles. De la Serna se voit contraint d'abandonner Lima le 5 juillet 1821, laissant la place à San Martin.
C'est le 28 juillet 1821 qu'est proclamée l'indépendance du Pérou sur la Plaza de Armas de Lima, San Martin étant nommé Protecteur du Pérou avec autorité civile et militaire.
Depuis Lima, San Martin décide alors de poursuivre sa lutte contre les troupes royalistes qui se sont retranchées à Cuzco et dans la montagne, acculés par les armées indépendantistes du sud et du nord, ces dernières dirigées par Simon Bolivar.
Les 26 et 27 juillet 1822, les deux grands Libertadores se rencontrent à Guayaquil, en Equateur, afin d'en finir avec l'indépendance du Pérou, dernier bastion des espagnols sur le continent.
Personne ne sait réellement quels étaient les propose exacts entre les deux hommes, mais à la surprise générale, José de San Martin annonce qu'il se retire de la vie politique.
José de San Martin arrive à Mendoza en janvier 1823 et demande l'autorisation de rentrer à Buenos Aires pour voir sa femme gravement malade. Mais le Gouverneur Martin Rodriguez refuse, craignant que son retour ne provoque le désordre dans la capitale argentine.
San Martin décide cependant de faire le voyage en apprenant que la santé de son épouse empirait. En arrivant, il ne peut que se recueillir devant sa tombe car elle est morte depuis le 3 août 1823.
A Buenos Aires, San Martin est accusé d'avoir conspiré. Fatigué par ces luttes incessantes il décide de partir d'Argentine avec sa fille. Il embarque le 10 février 1824 à destination du Havre, en France.
Après avor vécu quelques temps en Ecosse et à Bruxelles, José de San Martin s'installe à Paris, s'occupant de l'éducation de sa fille Mercedes.
En mars 1829, San Martin tente de revenir à Buenos Aires. Le Général Juan Lavalle lui offre le poste de Gouverneur de la province de Buenos Aires, mais jugeant la situation intenable, San Martin refuse en expliquant qu'il ne pourrait jamais sortir son épée contre ses propres concitoyens.
Le grand Libertador va rester trois mois à Montevideo avant de se décider à repartir vers l'Europe. Il réside alors à Paris quand un compagnon d'arme de l'armée espagnole, Alejandro Aguado, le désigne tuteur de ses enfants et lui offre un bon salaire.
José de San Martin achète une maison à Evry, dans le quartier Grand Bourg. Dans cette maison il recevra des compatriotes comme Juan Bautista Alberdi et Domingo Faustino Sarmiento, puis en 1848 il déménage à Boulogne-sur-Mer, ville où il s'éteindra le 17 août 1850.
C'est en 1861 que ses restes sont transférés au caveau de la famille González Balcarce, à Brunoy, et le 28 mai 1880 la dépouille de José de San Martin se retrouve dans la Cathédrale Métropolitaine de Buenos Aires.
Jose de San Martin s'adresse à ses hommes avant la bataille dans sa traversée des Andes, leur rappelant qu'ils combattent pour leur liberté et l'égalité entre tous.
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