Les Amérindiens charruas furent les premiers peuples à habiter l'actuel Uruguay. L'arrivée des Européens date de 1516, lorsque le territoire fut découvert par l'explorateur espagnol Juan Díaz de Solís, qui navigua sur le río de La Plata. Cependant, les tentatives de colonisation européenne furent longtemps découragées par les Charruas.

Entre 1680 et 1683, contestant la possession espagnole de la région, les colons portugais établirent plusieurs colonies en bordure du río de La Plata, dont celle de Sacramento. Les Espagnols continuèrent pourtant leur progression et fondèrent la ville de Montevideo, en 1726, avant de s'établir sur la Banda oriental, à l'est du río Uruguay.
Les rivalités hispano-portugaises se poursuivirent au cours du XVIIIe siècle, avant de s'achever en 1777, avec l'établissement de l'autorité espagnole dans toute la région dépendant de la vice-royauté de Buenos Aires.

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Cependant, en 1810 et en 1811, sous la conduite du général José Gervasio Artigas, des révolutionnaires uruguayens s'unirent aux patriotes de Buenos Aires, en révolte contre l'Espagne. Les autorités espagnoles furent alors chassées de Montevideo, en 1814, et un gouvernement national fut constitué en 1815. Mais les Portugais du Brésil profitèrent de la situation et décidèrent d'envahir le territoire. La conquête portugaise s'acheva en 1821, avec l'annexion de la région sous le nom de Provincia cisplatina.

Toutefois, cette domination ne fut pas acceptée par tous et un groupe d'insurgés, appelés les Trente-Trois Immortels, commandés par Juan Antonio Lavelleja, revendiquèrent à nouveau l'indépendance du pays en 1825; aidés par l'Argentine, ils combattirent avec succès les Brésiliens lors d'une guerre qui dura deux ans. L'indépendance de l'Uruguay fut finalement reconnue en 1828.

La République orientale (Uruguay) fut instaurée et une Constitution fut proclamée en 1830. Mais l'indépendance du pays fut rapidement suivie de tensions qui aboutirent à une guerre civile. Celle-ci se cristallisa autour des partisans du président Manuel Oribe et ceux du premier président du pays, Fructuoso Rivera; les premiers, conservateurs, étaient appelés blancos et les seconds, libéraux, colorados, en raison de la couleur de leurs drapeaux respectifs. La "grande guerre" entre les deux partis éclata en 1839 et se prolongea jusqu'en 1851. Suite à ce conflit interne, l'Uruguay, allié du Brésil et de l'Argentine, s'engagea dans une guerre contre le Paraguay à partir de 1865, et ce, jusqu'en 1870.

De 1865 à 1958, ce sont les libéraux qui conservèrent le pouvoir en Uruguay. Un de ses dirigeants, José Batlle y Ordóñez, marqua l'histoire du pays. Durant sa présidence, entre 1903 et 1915, il instaura un régime démocratique collégial et des réformes visant à promouvoir le progrès économique et social du pays furent mises en place. L'Uruguay devint bientôt connu comme une des nations les plus progressistes d'Amérique du Sud.

Les années 1950 virent la victoire d'Andrés Martínez Trueba, du Parti colorado. En 1952, un amendement constitutionnel abolit la charge de président et transféra le pouvoir exécutif au Conseil national, un gouvernement collégial de neuf membres.

En 1958, après 93 ans de gouvernement colorado, le Parti blanco remporta les élections avec une écrasante majorité. Le nouveau gouvernement engagea des réformes économiques; cependant, il dut faire face à l'agitation populaire et à des troubles sociaux.


Les blancos restèrent au pouvoir jusqu'en 1966. Cette année-là, les deux partis se mirent d'accord pour soutenir une mesure visant à rétablir le système présidentiel, laquelle fut approuvée par référendum, en novembre. Cette nouvelle Constitution entra en vigueur en février 1967. Au même moment, les élections générales furent remportées par les colorados et le général Oscar Daniel Gestido fut élu président. À la mort de Gestido, le vice-président Jorge Pacheco Areco lui succéda et entreprit une politique anti-inflationniste. Mais la situation économique demeurait critique; elle provoqua une grande agitation et une organisation de guérilleros appelés les Tupamaros intensifia ses offensives, en vue de renverser le gouvernement.

Lors de l'élection du 28 novembre 1971, le candidat colorado, Juan María Bordaberry, remporta la présidence. Cependant, le pays était en proie à une escalade de la violence, qui culmina en avril 1972, lors des affrontements entre les Tupamaros et l'armée. Le Congrès déclara alors l'état d'urgence et suspendit les garanties constitutionnelles. De plus, tout au long de l'année, des grèves se multiplièrent, en réaction à la politique économique et sociale rigoureuse menée par le gouvernement. L'inflation augmenta et la monnaie fut dévaluée à plusieurs reprises.

Bordaberry fut destitué en juin 1976. Aparicio Méndez fut alors élu à la présidence par un nouveau Conseil de la nation, composé de 25 civils et de 21 officiers militaires. Les premières décisions gouvernementales s'orientèrent vers un durcissement du pouvoir : privation des droits politiques et emprisonnements arbitraires; les violations des droits de l'Homme par l'armée furent endémiques. De plus, le pouvoir militaire tenta d'instituer une nouvelle Constitution, soumise à un référendum en novembre 1980, mais celle-ci fut rejetée. Le 1er septembre 1981, le général Gregorio Álvarez fut installé à la présidence de la République, mais il se heurta à la difficile situation intérieure.

Progressivement, les divers partis politiques furent légalisés et une nouvelle élection présidentielle se déroula. Elle se solda par la victoire de Julio María Sanguinetti, membre du Parti colorado, qui entra en fonctions le 1er mars 1985. Une loi d'amnistie, couvrant tous les membres de l'armée accusés de violations des droits de l'Homme entre 1973 et 1985, fut votée en décembre 1986 et confirmée par référendum, en avril 1989. En novembre de la même année, Luis Alberto Lacalle du Parti national (ou Parti blanco) fut élu président.

L'élection de novembre 1994 vit à nouveau la victoire de Julio María Sanguinetti, du Parti colorado. Celui-ci se lança dans une réforme de l'État et tenta de rendre le pays compétitif, en particulier face à ses partenaires du Mercosur, auquel l'Uruguay avait adhéré dès le mois de mars 1991.

En 1999, Jorge Batlle Ibáñez du parti Colorado remporte les élections présidentielles face au candidat de centre-gauche Tabaré Vazquez. Celui-ci lui succédera en remportant les présidentielles de 2004, confirmant le virage à gauche de l'Amérique Latine après la victoire des candidats plus marqués vers le social en Argentine, au Brésil, au Pérou, au Venezuela et en Bolivie.