De nombreuses civilisations amérindiennes se sont épanouies dans l'actuel Salvador bien avant la conquête espagnole, au début du XVIe siècle, et la région était peuplée majoritairement de Pipils, Indiens de langue nahuatl, lors de sa conquête, en 1524, par l'Espagnol Pedro de Alvarado.
Comme la plupart des civilisations d'Amérique Centrale, les Pipils se trouvaient répartis dans plusieurs cités états avant d'être réunifiés sous l'hégémonie de Cuzcatlán.
Au moment de la conquête espagnole, le territoires du Salvador était divisé en trois parties : les Mayas Chortí ou royaume Payaquí au nord, le royaume de Cuzcatlán à l'ouest et le royaume Potón à l'est.
Peu avant l'arrivée de Pedro de Alvarado, la population du Salvador fut décimée par une épidémie de variole qui emporta la moitié de la population.
En juin 1524, Pedro de Alvarado se lança à la conquête de Cuzcatlán depuis Iximché, au Guatemala, avec une armée composée de 250 soldats espagnols et 6 000 indigènes.
Après d'âpres batailles, San Salvador fut fondée le 1er avril 1525 par Gonzalo de Alvarado mais en 1526 la ville fut abandonnée suite à un soulèvement indigène. San Salvador fut fondée une deuxième fois le 1er avril 1528 par Diego de Alvarado à 8 kilomètres au sud de Suchitoto, un lieu connu aujourd'hui sous le nom de Ciudad Vieja (la Vieille Ville).
Entre 1529 et 1540, les espagnols poursuivirent la conquête du territoire. En 1530, Luis de Moscoso termina la conquête de la zone orientale et fonda la ville de San Miguel de la Frontera, tandis que Hernando de Chávez et Pedro Amalín conquirent le royaume Payaquí. En 1537, Lempira (le chef des Lencas ) fut vaincu au Honduras et le territoire du Salvador fut totalement pacifié en 1540.
Après la pacification, San Salvador fut transférée dans la Vallée de Zalcuatitán (connue aussi sous le nom de Vallée des Hamacs) en 1545 et une église fut érigée en l'honneur du Très Saint Sauveur du Monde (Santísimo Salvador del Mundo).
Le Salvador ne possédait pas de richesses minérales importantes et on y développa l'agriculture du cacao et l'extraction de la résine des arbres sur la région côtière. Au XVIIème siècle la production de cacao déclina et fut remplacée par la Xiquilite (Jiquilite), une plante servant de base à l'élaboration de l'indigo.
Malgré le peu de richesses du Salvador, les espagnols durent s'opposer aux attaques des pirates anglais comme Francis Drake en 1579 dans le Golfe de Fonceca et en 1586 contre le port d'Acajutla, et Thomas Cavendish dans le Golfe de Fonseca en 1587.
Le territoire du Salvador fut administré par la capitainerie générale du Guatemala, et les peuples indigènes furent en partie décimés. A l'aube de l'indépendance, les métis représentaient la plus grande partie de la population.
Après deux tentatives infructueuses, en 1811 et en 1814, le Salvador accéda à l'indépendance en 1821, pour être aussitôt englobé dans l'éphémère empire du Mexique d'Agustín de Iturbide.
En 1823, après l'effondrement de l'empire, le Salvador et ses voisins formèrent les Provinces-Unies d'Amérique centrale; une fois la fédération dissoute (1838), le Salvador put proclamer son entière souveraineté en 1841.
Pendant plusieurs décennies, le pays connut une succession de conflits entre libéraux et conservateurs. La culture du café prit son plein essor dans les années 1850 et devint la base de l'économie du Salvador à tel point qu'on parla de "république caféière" quand il s'agissait de parler de ce pays.
Le président Rafael Zaldívar décréta en 1881 et 1882 plusieurs lois qui annulèrent le système des terres communales, favorisant quelques familles qui devinrent de grands propriétaires terriens. Sous la présidence de Francisco Menéndez, des familles européennes arrivèrent au Salvador et développèrent la production et le commerce du café.
En 1927, Pío Romero Bosque fut élu Président de la République dans un climat de répression politique. Durant son mandat se produisit le Krach de 1929 qui affecta l'économie des Etats-Unis, entrainant la chute des cours du café.
Avec la détérioration de la situation économique apparurent les premiers syndicats de travailleurs et en 1930 fut fondé le Parti Communiste Salvadorien. En 1931 le fondateur du Parti Travailliste du Salvador, Arturo Araujo, remporta les élections présidentielles, mais face à l'aggravation de la situation économique il fut renversé par les militaires le 2 décembre 1931. Le général Maximiliano Hernández Martínez imposa une dictature sanglante, réprimant durement les soulèvements paysans (30 000 morts), et se maintenant au pouvoir jusqu'en 1944.
Maximiliano Hernández Martínez fut renversé en 1944 et le Salvador fut dirigé par les militaires jusqu'en 1980.
En 1979, un coup d'État dirigé par une junte composée de militaires et de civils permit à Duarte d'accéder à la tête de l'État l'année suivante (il fut élu président en mai 1994), sans que cessent pour autant les combats entre les guérilleros du FMLN et l'armée salvadorienne, désormais soutenue financièrement par les États-Unis. La guerre civile, symbolisée par l'assassinat, dans sa cathédrale, de monseigneur Romero, archevêque de San Salvador et défenseur des paysans (mars 1980), devait faire 100 000 morts en dix ans et paralyser l'économie du pays.
Les négociations de paix entre le gouvernement et le FMLN, entamées par Duarte, se poursuivirent après l'élection, en 1989, du candidat de l'Arena, Alfredo Cristiani. Les deux parties acceptèrent la médiation des Nations unies et, après de longs mois de négociations difficiles, signèrent des accords de paix sous l'égide de l'ONU en janvier 1992 (traité de Chapultepec). La fin de la guerre fut officiellement proclamée en décembre 1992.
En vertu des accords de paix, les forces rebelles acceptaient de déposer les armes et de prendre part au processus politique; elles se joignirent à une coalition de partis baptisée Convergence démocratique. La transition vers une réconciliation nationale et la démocratie connut des heurts tout au long de l'année 1993, mais des élections eurent lieu comme prévu en avril 1994. Armando Calderón Sol, dirigeant de l'ARENA, fut alors élu à la tête de l'État.
L'ARENA gagne de nouveau les élections présidentielles en mars 1999 avec Francisco Floors Perez. Cependant, le parti d'opposition, le FMLN, remporte des élections législatives de 2000 et gouverne le pays.
Elías Antonio Saca González, homme d'affaire et journaliste, remporte les élections présidentielles de mars 2004. Il est le candidat de la Alianza Republicana Nacionalista et s'impose facilement face à Schafik Handal du Frente Farabundo Martí.
Aux élections présidentielles de 2004, l'ARENA gagne encore les élections avec Elías Antonio Saca González tandis que l'économiste Ana Vilma Albanez de Escobar devient la première femme a occuper la charge de Vice-Présidente.
En 2009, le FMLN remporte enfin la victoire avec l'élection de Carlos Mauricio Funes Cartagena à la présidence de la République du Salvador, le premier président de gauche pour ce pays.
Géographie du Salvador
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