Numerosas civilizaciones amerindias se esparcieron en El Salvador actual mucho antes de la consquista española, a comienzos del siglo XVI, y la región estaba poblada mayoritariamente por Pipils, indios de lengua nahuatl, durante su conquista, en 1524, por el español Pedro de Alvarado. La región fue a continuación administrada por la capitanería general de Guatemala, y los pueblos indígenas fueron diezmados.
Después de dos tentativas infructuosas, en 1811 y en 1814, El Salvador accedió a la independencia en 1821, para ser enseguida englobado en el efímero imperio de México de Agustín de Iturbide.
En 1823, después del derrumbe del imperio, el Salvador y sus vecinos formaron las Provincias Unidas de América Central; una vez la federación disuelta (1838), El Salvador pudo proclamar su completa soberanía en 1841.
Durante varias décadas, el país conoció una sucesión de conflictos entre liberales y conservadores. El cultivo del café tuvo su pleno desarrollo en los años '50 y se volvió la base de la economía de El Salvador.
La crisis de 1929, responsable de la caida de los precios del café, exacerbó las tensiones sociales. En 1931, un levantamiento paisano, en el oeste del país, fue reprimido violentamente (30.000 muertos) por el general Maximiliano Hernández Martínez, dictador del país hasta 1944. Los militares continuaron dirigiendo El Salvador hasta comienzos de los años '80.
En 1979, un golpe de estado dirigido por una junta compuesta de militares y civiles permitió a Duarte acceder a la cabeza del Estado el año siguiente (fue elegido presidente en mayo de 1994), sin que cesaran por tanto los combates entre los guerrilleros del FFMLN y el ejército salvadoreño, sostenido financieramente en lo sucesivo por los Estados Unidos. La guerra civil, simbolizada por el asesinato, en su catedral, de monseñor Romero, arzobispo de San Salvador y defensor de los paisanos (marzo de 1980), dejó 100.000 muertos en diez años y paralizó la economía del país.
Las negociaciones de paz entre el gobierno y el FFMLN, entabladas por Duarte, se prosiguieron después de la elección, en 1989, del candidato del Arena, Alfredo Cristiani. Las dos partes aceptaron la mediación de las Naciones Unidas y, después de largos meses de negociaciones difíciles, firmaron acuerdos de paz bajo el arbitrio de la ONU en enero de 1992 (tratado de Chapultepec). El fin de la guerra fue proclamado oficialmente en diciembre de 1992.
En virtud de los acuerdos de paz, las fuerzas rebeldes aceptaron deponer las armas y tomar parte en el proceso político; se reunieron en una coalición de partidos bautizada Convergencia democrática. La transición hacia una reconciliación nacional y la democracia tuvo tropiezos a lo largo de todo el año 1993, pero tuvieron lugar las elecciones como estaba previsto en abril de 1994. Armando Calderón Sol, dirigente del Arena, fue entonces elegido al frente del Estado.
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